מים - חשיבות נושא המים בבנייה בת קיימה בישראל היא עצומה, צריכת המים העירונית בישראל בשנת 2009 מהווה כ- 74% מכלל צריכת המים בארץ כאשר מתוכה 52% הינה צריכה שמקורה בבנייני מגורים ו22% צריכה שמקורה בבינוי שאינו למגורים הכולל מוסדות ציבור, בתי ספר, מוסדות בריאות, בנייני מסחר ומשרדים . הבנייה הירוקה תורמת לצמצום משמעותי בצריכת המים ולניצול יעיל של משאב המים הלאומי תוך מניעת זיהום ופגיעה בסביבה. החסכון בבניין מצטבר לכדי חסכון ברמה הלאומית ולהפחתת הצורך בהקמת מתקני התפלה הדורשים שטח ואנרגיה ותורם לשמירה על מקורות המים הטבעיים. חסכון במים שפירים במבנה משרדים מתאפשר על-ידי שימוש באמצעים המייעלים את צריכת המים ומקטינים את הדרישה. בין אמצעים אלו נמנים: מכלי הדחת אסלות קטנים ויעילים, מגבירי לחץ מים, ספקי מים בהתאם לטמפרטורה רצויה וחיישני הפעלה ואמצעים למעקב ולבקרת הצריכה. התקנת מדי מים בנקודות שונות לאורך המערכת מסייע בקריאת נתוני הצריכה באופן המעודד חסכון ומסייע בניטור דליפות. פעולות מעקב ובקרה הופכות פשוטות וקלות כאשר קריאת נתוני הצריכה הינה נגישה וקלה וכאשר מותקנים חיישנים לתקלות. חיסכון במים שפירים לטובת השקיה מתאפשר הודות להתקנת מערכות השקיה חסכוניות וכן בתכנון נופי העושה שימוש בצמחייה מקומית בעלת דרישות השקיה נמוכות.

בדומה לפרק הקרקע, מהווה בת״י 5281 פרק המים משקל משמעותי מכלל התקן 15% לבנייה בת קיימה ובכך מדגיש את חשיבות השמירה על משאב המים במדינת ישראל ואת הצורך לעודד בנייה של בניינים המתוכננים לחסכון במים.

ניצול מים אפורים הם אחד התהליכים בו מלווה בנושא מים ״ת״י 5281 יוכל לעזור להשגת מירב הנקודות. הפעולה היא של מחזור  מים שנעשה בהם שימוש להדחת כלים, כביסה או רחצה וניצולם להשקיית גינה. אך חשוב להדגיש כי מים אפורים הם רק פרמטר אחד במכלול רחב של דרכים לחסוך עשרות אלפי ליטרים של מים בצריכה ביתית של משפחה אחת בשנה

ניתן לייצר חסכון אדיר על ידי התקנת מערכת מחזירת מים או התקנת צנרת איכותית למניית אבדן מים מדליפות אשר עשויות להפוך למקורות עובש טחב ואיכות אוויר פגומה. השימוש החוזר במים אפורים לצורך השקיית צמחיית המבנים היא שימוש גאוני במים אשר כבר בשימוש במבנה ולמעשה כבר שולם עליהם ולכן לפני ששופכים אותם חזרה לביוב כמו לזרוק כסף לביוב חובה למקסם את השימוש במים הללו לרווחה אקולוגית של הבניין. בתוספת לגינון חכם ואקולוגי ושימוש במי גשמים וניקוז נכון של המים חזרה לביוב יהוו משקל אדיר ולמעשה יכולים לתרום חסכון רב למבנה ולהעשיר אותו בצמחייה נפלאה כל השנה אשר מקבלת את מימיה מהבניין עצמו ללא צורך בהשקייתה במים יקרים חדשים.